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内容背景：
自西元20XX年，人类从肯尼亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔（Zohar）的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO（上位领域当中的红色波动存在）连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球（游戏中所谓的“失落耶路撒冷”）几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。
到了四千年多后，在游戏开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星（Miltia）爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯（Gnosis）的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人（Relian）M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府（游戏中统治各行星的政府，Galaxy Federation）雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人（likaw.cc），以保护M.O.M.O.的安全。
另一方面，在米尔奇亚冲突事件结束后的十几年，也就是大约在游戏EPI开始的时候，当时最大的企业贝克达公司以对抗格诺西斯侵扰的名义，进行对格诺西斯用战斗兵器KOS-MOS的开发计划，但和当时多使用合成人（Relian）与生化人（likaw.cc）的情况所不同的是，KOS-MOS是个纯粹的机械制品。另一方面，在EPI开始时，参与KOS-MOS开发计划的贝克达公司第一开发局研究人员卯月紫苑，正乘着当时载有还没正式启动的KOS-MOS的Woglinde号太空船进行旅途。但没想到其太空船却被冲著索哈尔而来的格诺西斯所攻击，而KOS-MOS也在此时突然启动，卯月紫苑因而被卷入一连串和格诺西斯及索哈尔有关的阴谋，以及会改变人类命运的事件当中……
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